In seguito, rendendosi necessaria una generale opera di ripristino, negli anni 1986-1987 fu avviata la ristrutturazione del museo con l’integrazione delle sculture e degli ex voto, rispettando in pieno la fisionomia del primo allestimento. Il lavoro si avvalse della consulenza operativa della Soprintendenza per i Beni Artistici e Storici della Liguria e dell’Ufficio Musei della Regione Liguria, in unità di intenti con le Opere Sociali di N. S. di Misericordia, la Curia Vescovile di Savona e la Gestione Autonoma del Santuario. Il 12 marzo 1988 si ebbe la riapertura delle sale. Le operazioni si conclusero con la pubblicazione (1999) del catalogo scientifico curato da Giovanna Rotondi Terminiello, allora Soprintendente.
Il museo attuale, nel mantenere pressoché immutati i contenuti fondamentali che ne hanno determinato la nascita, si pone nell’oggi e verso il futuro con una veste aggiornata dal rinnovato allestimento attraverso il quale è possibile, seguendone la storia, apprezzare la bellezza e la straordinaria ricchezza del patrimonio del Santuario, frutto delle donazioni che costituiscono le testimonianze preziose di una devozione lunga quasi cinque secoli.
Le considerazioni sopra esposte hanno suggerito infatti, quasi naturalmente, fra le possibili ipotesi di un nuovo ordinamento, due linee guida principali. La prima riguarda il mantenimento, nei suoi contenuti fondamentali, dell’allestimento realizzato negli anni Cinquanta, di cui non possono che ritenersi storicamente acquisiti i criteri sostanzialmente ancor oggi più che validi.
La seconda attiene la selezione delle opere all’interno del percorso stesso: poiché l’esistenza e la ricchezza del tesoro del Santuario dipendono dalla generosità dei donatori, a questi ultimi e ai loro preziosi omaggi destinati alla Madonna di Misericordia devono essere assicurati, nel Museo del Tesoro, la più efficace visibilità e il migliore rilievo. Ciò si ottiene proponendo al visitatore di ripercorrere la storia della devozione e del culto alla Vergine attraverso la immediata, diretta visione e la concreta percezione del pregio e della bellezza dei doni a Lei nel tempo recati.
A questo scopo è parso opportuno adottare un criterio espositivo cronologico, che ha inizio con la visione delle opere più antiche risalenti alla seconda metà del Cinquecento e che si conclude con quelle più recenti, della prima metà del secolo scorso; all’interno di questo percorso si sviluppa un discorso tematico, caratterizzato dalla creazione di nuclei di oggetti di diverse tipologie tecniche, dei quali si pongono in evidenza la peculiarità e il prestigio della committenza e la particolarità della provenienza, costituendo delle vere e proprie sotto-sezioni intitolate con i nomi dei donatori.